Avant d'aller plus loin, j'essaye de comprendre. Tu souhaites enlever ta nuit à Sequoia Park / Three Rivers et faire la liaison Yosemite > Lone Pine d'une seule traite en contournant la Sierra Nevada par le Sud ?
04. SF > Yosemite
05. Yosemite
06. Yosemite > Lone Pine
Voir CARTE ICI.
Et qu'entends-tu par boucle ?

Car si tu ne loges pas à l'intérieur du parc, tu devras de toute façon faire des aller-retours pour rentrer et sortir du parc.
Et même si tu loges à l'intérieur du parc, tu devras faire des trajets en voiture pour aller d'un point à un autre.
Le mieux pour dormir à Yosemite est il me semble, et dans cet ordre (le 1 étant le mieux placé et le 3 le moins bien placé) :
1 - Yosemite Valley (intérieur du parc, au coeur de la vallée, donc "central")
2 - El Portal (extérieur du parc mais très proche, à 30 minutes de route de Yosemite Valley)
3 - Wawona (intérieur du parc, plus proche de la sortie Sud et de Mariposa Grove mais à 50 minutes de route de de Yosemite Valley)
4 - Oakhurst (extérieur du parc, relativement proche de l'entrée Sud même si à 1 h 30 de route de Yosemite Valley).
Quant à Mariposa (attention, son nom est trompeur, ce n'est pas du tout à côté de Mariposa Grove), et à l'extérieur du parc et à un peu plus d'une heure de route de Yosemite Valley.
Donc dans ton cas, El Portal est très bien pour tes 2 nuits.